《尼尔 自动人形》剧情上有点疑惑

复制人只有极少数高层知道人类已经灭亡 大部分复制人都是以为自己是在为“人类”而战
所以最有可能发现真相的S型机体才需要E型跟着 随时干掉

复制人都是在空间站量产的，月球上有一台电脑主机负责来回发送信号（可能连司令长说的人类基因库都不存在）。
分析说到的提高士气计划是因为复制人要有目标才会行动（保护人类，驱赶或破坏地球上的外星生物夺回地球），否则就会停止行动。司令长跟9s说真相的时候有提过。
尼尔2已经是很多年（或者说周目）后的剧情了，反抗军营里领袖旁边的电脑记录了2A和以前队友战斗过的记录，其中还提到过“病毒正在进化”。至于病毒怎么来的，可以看看龙背-尼尔的世界观史，你就知道复制人和外星生物战斗了多久了，包括艾米丽的故事（站内以前见过，搜不到了。百度吧）
楼上说到的E型和S型，因为S型善于骇客，经常会黑到不得了的东西，E型防止S型泄露这些数据，条件触发了就会直接破坏随行的S型机体。所以你还能看到基地经常会发送一些破坏机体的任务。其中有一个支线任务是破坏3个机体的，但只会对2B说你什么都不懂，又不解释是什么，宁死不说，玩到二三周目你就能猜到是什么原因让他们说这样的话，而司令长又不说破坏他们的原因了