是什么样的挫败，足以动摇那挺身对抗世界的战士，他那坚定不移的意志？
是什么样的局面，必须以死终结这场浩劫？
是什么样的意志，让他受其燃烧生命至尽头的煎熬，而仍然奋战不懈？
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这个世界总是需要伟大的人挺身而出，为世界的未来掷出一个希望，而不是向下沉沦，陷入一场永不休止的噩梦当中。
但那位战士，面对的将是足以压垮他身躯的力量，面对的是足以折磨他最后一丝理智的力量，面对的是那永不止息的对抗与战斗。直至战士阖上双眼，与世无争为止。
在这《Metal Gear Solid》系列划出一个时代的终结，以及下个时代即将响起的鼓动。由此怀抱纪念的精神回顾属于 『Solid Snake』的最后战役。
《Metal Gear Solid》系列的脉络从独到的精神中诞生，时代的意志也赋予了这部作品不同以往、精闢而细腻的视野。曾在千禧年前夕谈及複製人与基因战士，在反恐战争的开端描述了社会控制的轮廓，此后更将题材带回上个世纪分裂的时代(冷战)，表现英雄的传承以及灵魂、意志的伟大。
在四代中，故事离开半个世纪前的对抗世代，但是不变的仍是世界正进行着新的斗争与战火。《Metal Gear Solid 4》正是将战争经济搬上近现代舞台的“可能性表述”。
去除了具备相当争议性的宗教性议题后，故事拥有的是意志与战火，更大量的冲突与双方的鲜血。
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在本作《爱国者之枪》当中，製作者试图呈现一个巨大的精神，赋予它诞生也赐予它完结。至于是一个什么样的精神，可以说结合了这整个系列故事的起源至终结，一个世代的意志。
这是哪一个世代，那是一个隐密于世，而知情者称之为《爱国者》(The Patriots)的世代。
在故事的开头，玩家会惊讶于现在是什么样的情况？
广告、影片、节目，融合着介绍新知，推广理解，探索奥秘，这个世代以电视为依靠，传达了人与资讯的密集接触。但又是否扭曲了其目的意味？
在这之后则是一场独白与内心揭露，一场询问着意志与战争的意义，一场自问自答的秀。随着飞沙以及荒土，一个消失在文明国度外的第三国度，在那裡集结着一群斗士正奋勇抵抗，向另一群受到规范制度化的现代军队作战，可想而知这场战斗的壮烈与无谓是令人多么哀伤。
在完成开场之后，故事从回顾透露出“Solid Snake”(固蛇)的回归(后简称为老蛇“Old Snake”)。正值壮年却步入老化衰退之苦，起因来自于“恐怖的孩子们”计画中的基因控制序列的改写，这项计画控制了这群複製人的生命，让他们得承受计画创始者无情的计谋掌控。
士兵是可消耗的资源？还是一条条宝贵的性命？因立场不同而有性质各异的解答，但在战场上只有一个真神，而祂是不容质疑的。
老蛇的立场是什么？他的回归又是为了什么？许许多多的故事来自于无奈以及必须完结的使命。
至于老蛇，他的宿命与另一位宿命者“Liquid Snake”(液蛇)的战斗形成争夺“BIG BOSS”(大头目)继承者的力量之争，不过在本系列的一代之中，这场力量之争虽以液蛇的死作结，然而却忽视了对大头目意志的领悟，而欠缺了从根本上瞭解这只是众多纷争中的其中一环。
在本作中液蛇借体还魂(利用义肢移植而突发的精神窃取)化身成为“Liquid Ocelot”(液山猫)。
原“Ocelot”(山猫)的角色则是相当複杂，可说是系列作中的固定班底，山猫的角色时而似敌时而非敌，他是一位令人钦佩的间谍与拷问专家，他难以判断立场的特质成为MGS系列当中，形成另类连贯故事核心的重要人物。
在本作则成为了最终的敌对者，掌控庞大的私人军队“PMC”(Private Military Company)，并且驾驭“战争经济”的核心力量。而液山猫的野心则是支配掌控世界的“爱国者们”。爱国者们的存在以其化身，从秘密中进行控管世界的目的。一套已全由人工智能驱动的系统，核心目的在于使世界接受“秩序”的控管。
对于秩序，人类社会已经达到了无法捨弃的地步，然而对于行使秩序而不求手段的黑暗一面，人类社会也身受其害。
在本系列作中第二部故事中阐述的“自由之子”，则显示了控制社会的野心以及其行使力量的强大，那不是非正统对于力量诠释(非军事化)，而是从根本上控管世界的魔法。
从意志、思想、行为等动机上严加治理人类的心理层面，设立框架使人类的意志完全受到拘束，这就是完全的秩序控制，也是爱国者们这套系统所得出对秩序的解答及渴望。
在一代与二代的故事中结构了这个现代世界的黑影，而在三代中则是将故事回归，回到起源的世代，冷战所导致一切纷争与对立的痛苦世代。
延续至半百年前的源头所诞生出的爱国者们，以其意志与力量实现对于秩序的渴求，对于如何导正这个互相伤害的世界所作出的努力与贡献，创造了所谓现代的繁荣与愿景。问题是，人们能否承受在这制度下牺牲的价值？
现在在这框架下，置身于自由的老蛇从另一个角度理解液山猫的威胁重要性，他从老友(罗伊‧坎贝尔Roy campbell)手中接受了这一项任务“暗杀液山猫”。
故事的齿轮开始运行，跟随着老蛇横跨世界追逐液山猫那如鬼影般的足迹，在液山猫完成并实行计画之前将他送入地狱。
至于这个世界，在各国军备缩减与地方纷争扩散的联合压力下，战争经济的成形显学。
新的私人组织企业，派送着军队与雇佣兵加入一场场没有意志的战争，唯有金钱与流血蔓延在这个世界的角落。
PMC(民营军事僱佣公司)横行在点燃战火的世界各处，并且不止于战争行为，部分国家也以维持秩序为由申请这些雇佣兵的加入。
这一切使得国家正规军事势力的衰减以及许多民间反扑的声浪，但面对人民的质疑，人工智能的导入让这场人类至古以来最容易点燃野蛮行径的战争，成为了可以控管的事物。
控制战争更是在科技介入下，普世智慧开始不过于担忧无法控制的战争会像野火般肆虐。
人工智能与奈米机械主导了战争，新的身分控制锁控管着枪械与各式武装的开火与控制装置(从枪械到车辆、坦克与飞弹)，无孔不入的监控系统不止于视线(眼睛所见)也渗透进入士兵的情感之中(喜怒哀乐的抑制)，利用对贺尔蒙与神经传输的奈米科技掌握，士兵不在是一个个独立份子，而是一笔笔的资讯。
在这样的框架下，文明社会接受了战争经济，也开启了新世代对战争行为的恐惧根绝。
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重回战场的老蛇，除了身上必须穿负体能增幅衣以克服衰老的身体机能，服装中更融入新式迷彩“章鱼迷彩”（Octo-Cam）。
针对于章鱼与变色龙等生物特徵，利用与背景环境色彩融合所进行欺敌的防御机能，进而在战场中降低暴露、迴避追击，甚至是从暗处中埋伏、偷袭等优势作战。
章鱼迷彩会在静止状态中与环境色彩进行调和，最好的状况是身姿贴上背景以降低显眼度。
如同前代系统所显示的伪装比率，当高达一定比例的状态下能在适切的距离欺骗过敌人的视野。(个人看法，因游戏所以略有简化与现实的差距)
一般而言，与伪装比率有关的如移动速度、光影环境等。
克服了一般迷彩在限定状态的使用关係，本次的章鱼迷彩因自动化而广泛性极高，不过此类的防御机制适合在被动的状态下利用，在本作中玩家所遭遇的任务与过往系列作有着许多不同之处，本作更是着重于任务型态的多样性，以发挥潜入作战的综合应变能力。
玩家在本作中所能使用的武器堪称系列作最为丰富的一代。打破系列作对现代兵器多半着重于功能性而交代给玩家使用，喜欢强硬风格的玩家更会喜欢这样解除封印的乐趣。
在过往系列作中对于玩家为何无法取得敌兵手中的武器本身就有注解，以身分控管方式使得非身分认证的武装无法使用，同样的在本作中这段设计仍然维持并且被有效的探讨。
故事初期会遇到一位自称武器商人的中立者，德雷宾。他向第三方参战者的老蛇提出一套合作概念，利用“武器洗淨”让武器上的身分限制取消，并且提供给老蛇使用，而作为代价则是老蛇必须提供战场上取得的枪械作为交换点数，并藉此形成一种互惠关係。
在这套贩售系统下，玩家可以购入多种枪械，加上改造组件加强效果，并且也提供弹药贩卖等功能给予玩家在战场上瞬间的补给能力。至于补给的重责大任则交由小型二足机械(Metal Gear缩小版作品)代劳。
玩家拥有武器与装备两套快捷系统，在装备上有一类会需要使用电力运作，如初期就会获得的“固眼”(Solid Eye)，这是一套单眼镜头装置，具备缩放望远、夜视、热侦等光学感测功能。
然而在多的武装仍比不上使用者所具备的战技与经验。近距离战斗技术“CQC”採纳了更多的组合应用，包含了击打压制、挟持威吓，在出乎预料的零距离战技中先手至胜，玩家更可从敌方身上探取资源、情报以利玩家接续的作战。
匿踪道具中的系列至宝，纸箱，在本作中也多出了属于它的伙伴，铁桶。铁桶不只可以欺敌，也能摆横后转动来击倒路线上的敌人，不过代价至老蛇会晕眩作呕。
关于匿踪的细节在本作中也有许多强化，例如场景中的小物件在碰触下发出的声响会诱发敌方搜查，雨水沾湿的脚印、垃圾桶的臭味、凋像的人型艺术等，更丰富的细节变化更让玩家在提防与操弄之间作出属于自己的判断。但是要小心大意而坏了大事。
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老蛇根据着联合国组织内部对PMC的监察部队情报，而隻身前往陷入战火的中东地区，在沙尘与火焰中深陷血战的城市，一方的民兵陷入惨烈的战况，另一方的PMC雇佣兵们则持优势武装与良好的战术应用掌握战局。
在第一章中，追击躲藏至PMC营地的液山猫是任务的目的地，但首先完整的情报则是在监察部队手中。
前往战场的老蛇会遇上强攻的民兵与固守的雇佣兵，同时玩家可以自行选择是否协助战况变化，或是利用战况的溷乱而保持自身的隐密行踪。
因此潜入行动中会遭遇上许多事件进展，部分的事件会不断的推进，而有些事件则得在老蛇的协助下才有可能顺利进展。
因液山猫作为主导PMC部队的幕后控制者，一般而言PMC与老蛇是处在敌对状态但非主要目标，地方上的民兵则是各处事件的主要推动者，在某些战况得利后老蛇更可以与民兵展开交流互动，利用赠与物资来提升双方友好度，并且在某些战况中民兵会有更强大的表现，以利玩家藉机迴避PMC的固守与搜查。
在环境上，玩家不只拥有一条路线的选择，整个涵盖战场的区域从入口到出口之间都是任意发展的可变性，有时可折返来探索道具与触发事件，而在地区上也不只有平面状态，高低落差以及建筑内部的结构也分别影响着战术使用，潜入、探索、攻击与迴避等行动。
紧邻的窗口与道路，破损的街道与横行而过的装甲运兵车，各式武装与各职士兵都会在战场上运作，甚至在某些情况下还能加以操作攻击敌方。
PMC与民兵之间的交战所引发的死伤不断的交错在这战地之上，穿梭其中的玩家能选择置身事外，或许加入战局主导胜利，多元的游玩要素加以操作，玩家将有目的性的成为战场中的意志之一。
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游戏中大量的加入过场动画，不仅在动作性场面上，也包含了在剧情的进展性上。
以首次游玩的玩家感受而言，玩家得明白在观看影片与游玩时间的对比差异，可能会导致玩家对此款作品的不耐。
确实为了涵盖以往故事的连结与结束，大量的事件说明与推进，使得每次的过场动画造就了漫长的等待。
期待持续推进，只需要下一个任务目标的玩家，大多数会对这样的安排感到不耐。这确实是不同的玩家取向所导致的结果。
因故事的连结错综複杂，新的人物与原系列人物的交错与影响不断的推升，对期待故事整体的玩家而言，这部作品创造了许多称讚的内容与涵义，而想要深入理解的玩家更能体认到在剧情中每件事情的发生与变动，都存在着现实的可能性所具体描述的深度影响。
可区分为系列玩家与非系列玩家，在剧情的推进上因为涵盖着与过往事件的互动，或多或少造成玩家对剧情理解上的隔阂。
对于首次接触此系列的玩家，大致上会感到陌生与难以上手，毕竟这类的作品所主导的意识与市面上主流的作品有着差距，以及複杂化操作、游玩手段与目的性的多重，其中潜入的技巧以及面对不杀的意志则是另类更深入的课题。
游戏中会在各大关卡结束后进行评价，也是本系列的惯例。
高评价的部分着重于许多项目，例如过关时间、隐密行动、特殊道具、杀敌数等多重指标。此作品中在奖励概念上形成让玩家探讨哪些的技巧变得更为重要，而着重于过关的玩家也不必要在意这种评价制度，这些制度是留给渴望超越与突破的玩家而设计。
随着以潜入作为游戏一环的作品开始增多，所谓的潜入与以往作品的差异主要在于敌方智能的表现能否更加多元，动作与反应是否符合预期，是否更加入如同智慧模拟的行动模式。
对于这类人工智能，必须设定的范围更加广阔，从视觉、听觉，甚至于嗅觉的反应都模拟呈现。
视觉在于直线性的观测能力，同时配合游戏中玩家作为反制的伪装比率，修正观测距离与突出动作的反应状态，例如快跑从敌人眼前一晃而过，敌人有时会受到惊觉与迟疑，同时还有回报动作以通告指挥中心与队友，在这样一来一往之间玩家也能出手制止，如此一来面对事件的可变动性就相当丰富。
听觉与嗅觉就比较像是被动性质的反应，不过视觉的部分也有一类也属于被动性质，例如脚印等令人起疑的事物，触发进入搜索动作事件。
听觉则来自于部分的小物品发出的噪音，或是无消音类的枪械攻击，噪音会引人怀疑，开火声则会引发警戒。
而嗅觉则是相当难以呈现的内容，所以比较类似一些相关连事件，如躲藏垃圾子车后身上会沾染恶臭，敌方在一定范围内会感觉不适进而搜查味道来源。
许许多多的事件模拟反应，造就潜入作品的智能反应比起一般的射击动作游戏更来的细腻、活泼。部分的玩家也喜好于搞怪与恶作剧，製作团队也深知此道理，所以类似模特儿杂志等影响敌方注意力的小道具，都能成为好用又不失幽默的功能性道具。
此外游戏系统中另有一项感知类设定，称呼为“威胁环”的环境感受，如同主角凭藉着身体感知对于威胁的预测与判断。然而此功能需要在静止状态下(蹲下与匍伏)效果才能突显。
独特以人物感知作为一套系统，非图形标记而是以概念识别，威胁环在画面上类似围绕主角的圆圈，随着敌方逼近而出现指向性波动，以此来克服在视觉性的死角并影响近距离的探测能力。
至于不杀，这是一种精神性的议题探讨。
以个人认为就是因为在游戏中，或许玩家能够尝试着以这种仁义之心来完成大业。不杀是另一种更强调技术的游玩方式，毕竟解决敌方带来的好处相当多，尤其是在无触发警戒的状态下，击倒一名敌人所带来的诱惑相当充足。
玩家在潜入作品中最重要的面对环境可能造成了所有变数，因此游戏团队设计的环境变数丰富的令玩家惊奇与刺激。
不杀，代表着敌方在搜查上呈现一个最大的效果反应，而在难度上更改变敌方巡逻配置，尤其高难度中以往多数落单的敌人，变成一个个拥有交叉掩护搜查的团体行动，玩家在潜入原则上面对一整个连锁反应的公式，得更考量技术、武器、策略以及观察的细微度。有时危机就在没有揭露的一角之中。
对于不杀并非玩家手无寸铁，低使用性的麻醉型武器弥补这种策略攻击中所欠缺的远程手段，不过相对而言麻醉型武器是一种单发、射程短、填充慢的武器，虽也有远程的狙击性麻醉长枪，不过却没有手枪所拥有的消音特性。
在面对杀与不杀的选择中，游戏也做到了平衡。看似杀害会带来益处，不过如果行事作风太过剽悍、大胆，引发大规模的警戒冲突，这时随着游戏难度的提升，玩家不仅会面对到敌方防御与攻击的强势作风，也会在数轮的攻击后面对自身弹药不足的困境。利用对于后勤的资源特性，也表现出了现在战争中玩家需要依赖的事物何其多。
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游戏共分为五个大章，因系统关係基础版本会以单一章节进行重新载入的作业，而后随着系统更新，玩家可一次性的将五大章的储备资料一次载入，省去各章之间的载入读取时间。不过代价就是高容量硬体空间。
五大章的故事不仅通行世界在战火笼罩下的重点区域，也穿梭至现代社会进入纷争动盪的区块。故事之中诸多角色之间的连结也涵盖了系列作个别代数所发生的种种。
在故事初期遇上的协力者，隶属于联合国底下监察部队的老鼠小队(RAT PT 01)，其指挥正是一代中受到老蛇救援的新兵梅莉露(Meryl silverburgh)，摆脱在一代当时稚嫩的年轻女兵形象，成为一位杰出战技的士兵与指挥官。
然而谈及私事的她另有的柔情与激昂的不同面目，在老蛇的眼中想必这就梅莉露率真的一面。
再度碰面的双方也不在相同于昔日。双方都走向各自的道路，然而由梅莉露眼中看到的老蛇，不捨大于震惊的她对这昔日仰慕的英雄显露出内心的惋惜。
梅莉露所带领的老鼠小队另有三名队员，强尼、艾德、强纳森都是箇中高手，分别担任侦查、狙击、火力攻击等职位，以协调性强化小队机能，尤其是在奈米机械的情报传输机能下，带来更为强大的战斗效能。
游戏中从自由探索到事件遭遇各有不同的乔段与进行方式，与老鼠小队会合后，遭遇“方舟士兵”(Haven Trooper)的激战就是一种。
“方舟士兵”其头盔外形酷似青蛙而别有青蛙部队之别称，其为直属于液山猫的“世外桃源”(Out Heaven)核心部队，成员以女性为主被奈米机械完全掌控，化为不带情绪的杀戮利器。
在这场事件遭遇中，老蛇与老鼠小队得合力对抗青蛙部队，大量的部队几乎无孔不入的渗透进建筑内部，随着战局的变化敌方的攻势更加勐烈。
在这场战斗中虽有匿踪方式，不过也可大胆的以武器力拼到底。同时玩家不仅得保护自身，还得与老鼠小队协力合作，梅莉露等队员是有可能遭遇强攻而阵亡(代表任务失败)，得适时的瓦解敌方攻势，分散敌方注意力，并且在该小队陷入困境时出手救援。
老鼠小队也并非坐以待毙的软弱队伍，在刚开始队伍行进过程中，该小队的默契与战技可说力抗青蛙部队的勐攻，但面对天罗地网般的攻势也数度苦于防守应对。
遭遇的事件性剧情，玩家可以参与其中发展更为强力的角色，表现出动作性与参与性，这对于整体系列作而言是另一项创新与挑战。
这些剧情性事件改写了该系列作常态的游玩模式，其模式以穿越地图，迎战头目，进入剧情等，以点与线的方式连接。
从一代到三代的游玩方式都类似一场巨大的潜入谍报行动，由一代的基地渗透，二代的民间设施潜入，三代警戒封锁区内的秘密作战，由大量複合地图所建构的一个线性连结环境范围，游玩中也多少带有不少的事件性，同时对于头目的挑战方式也各具特色引为潜力。
在“爱国者之枪”当中，各大章仍由地图构成，不过因为章节的切换形成了五个独立的环境区域，也让游戏在不同地域的特色更能有机会发挥出来。
第一章(章名：液体太阳)的中东城镇，第二章(章名：固体太阳)的南美山岳，第三章(章名：第三太阳)的东欧古城。
这些的区域有的以建筑物与道路建成，有的则是以野外环境呈现，每个区块不仅在文化特徵上表现出来，也给予整体系列作的感官印象有了更多层次的见解。
就好比某些创新就是得在开头就充分表现，让玩家得以在被游玩弄得精疲力竭之前更能深刻体会。
在于第二章当中的起始行动，也类似于第一章的战地移动，只不过这一次是在山岳野地，具有森林、湖畔、丘陵等不规则型态的地形事物。
同时地区类似于在系列作三代中那种穿梭野地阵地，交错连接着如道路、军营、重点设施等区块。同样的也有PMC与民兵交战的激烈场面，而这一次玩家想从两股势力中趁隙游走将更加困难。
在经历了两个大章面对战场上交错的火拼场面后，第三章带给玩家一次新的挑战与技术的摸索，不过先前早已给玩家来了一场热身体验。
第二章后半段的事件任务，其中之一就是跟踪追逐，不过主体上路线虽分叉但只要最后走上终点，就如同单一区块有起点与终点的设置方式，玩家仍然能独立完成跟踪任务。
只不过先前乱打正着的探索方式，可无法带到第三章的跟踪行动。
第三章当中玩家必须与目标保持在一定距离内，并且随时掩护他所放下的致命错误，同时又得连同敌方与目标都不发现的状态完成跟踪至定点的行动。在此就算玩家事前知道终点在何处，如果目标无法指定的抵达仍然无法完成事件。
涵盖了对原系列作的游玩方式，以及对新时代不同的作战型态，这是系列作一向坚持于“改进”的想法贯彻。
对于潜入匿踪的行动探究在既往概念中，穿透敌方防御区域等主旨外，追加的动作事件与追踪型态的複合型潜入匿踪，由多元性增添了玩家对此作的游玩性质。
游戏基本的操作时数也略与过往相符，同等一款动作游戏的游玩时数。面对大量变数的丰富性同等刺激玩家重複探索、研究技术等方式，加深对于本作的肯定与游玩探索乐趣。
MGS系列另一个令玩家啧啧称奇的内容在于能将严肃的题材巧妙的融入一些搞怪、捉弄的元素。其中第二章后段的追踪任务，从被掳走的目标身上会掉落一些“令人遐想”的特殊物品，看过的玩家必定有着将意外、害躁与兴奋等各情绪参入其中的感受吧。(另外还有UFO的特殊乔段可以回味)
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在任务上的剧情推展上，该作除了引入特殊的划时代概念，也一併将内容物剖析开来，让玩家不仅从外在观看，也从实际的可能性中明白这种事物所代表的连结意涵。
在探讨“战争经济”的同时，对于新世代的青年随着电玩一步步的导入对战争的意识概念，随模拟的手把按键，一直到握有真枪聆听子弹真实的呼啸声，置身走入战场当中而浑然忘我。
战争经济的涵义，也不仅仅表现在冲突上对战的士兵，此外也包括了后勤支援、武器装备、指挥系统、社会因素等通通囊括其中，造就了一个巨大的供需体系，也影响着世界上众多人民的生活与繁荣。
为此就像一个放不开手的包袱，世界因战争而兴盛，人民因战争而流血。
如前述所提，世界为何接纳战争成为社会的一环，主因于奈米科技掌控了战争这条野兽，控制士兵的情感，掌管武器的运作，提供战争资源与协调，它变成一种常规型态，民主国家拥抱它，第三世界憎恶它，之后战争就代表了新世界的道路。
战争改变了。
如此一来，回到核心的命题，战争是什么？就如同故事中伟大的世代与人物，他们的交锋与冲突，其代表着意志的抗衡与渴望。
对于液山猫，老蛇等人害怕他将彻底的接管战争的力量。虽液山猫已暗地中主宰世界五大PMC公司，不过真正控制战争的资讯系统“爱国者之子”则仍被“爱国者们”所垄断。
所以液山猫开始了属于他的计画。在中东的战场上率先测试，其结果造成了PMC士兵们的失序、暴乱与死亡。这件事情的核心则在此套系统的核心开发者手中，直美(Naomi hunter)。(此人物在一代中同属于关键人物)
直美受到液山猫所监控并迫使参与破坏“爱国者之子”(Sons of the Patriots)的计画之列，以致直美后透过求援讯息使老蛇来到南美洲寻找直美，在救援的过程中直美也对昔日的英雄(老蛇)身体的巨大变化(严重老化)感到震惊。
同时身为医师与奈米科技的研究者，老蛇答应直美作一次身体检验，然而这才是另一个问题的开端。
昔日影子莫谢斯岛事件(Shadow Moses Incident，也就是MGS一代)中参与任务的老蛇，被注入奈米病毒“FOXDIE”在任务中接近人质(受害者)进而诱导感染的手法，以病毒暗杀重要目标。
在这整起事件中包装着毒药般的暗杀计画，而老蛇只不过是一个工具与执行的手段(不被告知的双重秘密任务)。
这种空气接触感染的病毒极具威胁性，然而为了预防憾事发生，研究者直美将该病毒锁上基因，非指定基因则无法触发病毒作用，以此作为安全控制手段。
然而随着老蛇身体剧烈的老化影响，奈米病毒受到了宿主母体变动而促发突变，最终的结果将是奈米病毒上的基因锁失效，病毒将无差别杀害所有空气接触者。至于时间已经所剩无几。
最后(基因锁失效后)，老蛇将会成为行走的死亡使者。
遭逢打击的老蛇面对命运的巨变，只是悻悻然的掏出香菸点燃他的最爱。生为士兵的命运一向如此，总是会有什么东西害死自己。
在此同时，直美告知了老蛇关于“爱国者之子”破坏的计画原貌。
一直以来整套“爱国者们”的人工智能系统，一直处在绝对封闭的资讯系统内，要进入必须握有特殊的基因序列作为密码通行，而开锁的关键则在于“BIG BOSS”的血。宛如圣杯的存在。
为了夺取控制权限，多次的测试则是利用于“恐怖的孩子们”这些使用“BIG BOSS”基因所製造出来的複製人，然而基因依旧不全，导致系统控制失效而出现了所谓的后遗症(“爱国者之子”系统暴走失控)。
下一个目标则在于夺取“BIG BOSS”的躯体获得基因密码。
“BIG BOSS”原先死于《MG2》的故事结尾，然而事实是被爱国者们接收其躯体，并藉由奈米科技的技术强行冷冻睡眠，使之受困于自身的躯体意识之中。
在“第三太阳”章节中(第三章)中，老蛇前往东欧为了寻找从“爱国者们”手中夺取了“BIG BOSS”躯体的组织“失乐园的战士”(Paradise Lost Army)，同时为了确保其躯体不会落入液山猫之手。
在这些战斗之中，除了PMC的阻扰，核心部队方舟士兵的威胁之外，BB部队(Beauty Beast，美女与野兽部队)则是交付大任专门猎杀老蛇的特种部队。
狂笑章鱼(Laughing octopus)、愤怒乌鸦(Raging raven)、嚎泣野狼(Crying wolf)、呼啸螳螂(Screaming mantis)此四位，其心智深受到战争所摧残，在封闭的内心外是一具具弑血的野兽。
同时这四位也分别代表着喜、怒、哀、乐等象徵性的四大情感。
以上四位各以独特的武装系统作为优势，“狂笑章鱼”所具备相同的章鱼迷彩优势，使之成为一场捉迷藏的恶斗；“愤怒乌鸦”则携带个人飞行装，强大的火力与制空优势成为一场困兽之斗。
“嚎泣野狼”则是一场承袭前作之中独特的狩猎游戏，在一场相当广阔具有複合性地形与多楼层建筑的场地之中，拥有狙击能力的泣狼从阴影之中瞄准他的猎物。
“呼啸螳螂”在作为最后的强敌，拥有不可思议的精神感应力阻挡玩家的所有物理性攻击，在这场机智交锋中，先看出敌人的弱点者将成为获胜的一方。(同时此头目也是与过往系列作中连接最深入的一名头目)
在这些武装部队之后还有一名称为不死身的男子，吸血鬼(Vamp)。
拥有异常恢复能力与残忍杀害技巧的弑血怪物，面对着这些阻碍，主角得以依赖的则是那些一直支持着他的人，曾受他所守护的人以及拥有共同信念的伙伴。
在老蛇身后，最有力的协力者“宅代”(Otacon，本名哈尔‧艾梅里希，Hal Emmerich)，同时身为机械人工程学权威与骇客专家，在一代的影子莫谢斯岛事件成为受害者并受到老蛇救援，而后因对研发出「Metal Gear Rex」作为战争之用而感到忏悔，进而以协力者之姿与老蛇共同奋斗，誓言为世界去除 “Metal Gear”的威胁。
此外一位新的伙伴“珊妮”(Sunny)则是受到老蛇等人保护的女孩，她自出生就被爱国者们掳走囚禁，以作为控制某些关键人物的手段。
珊妮年纪虽轻但拥有强大的智慧天份，不断作为宅代的得力助手协助处理某些棘手的科技疑难杂症。
珊妮能够从爱国者们手中脱逃，其功劳其为另一位曾与老蛇并肩作战的年轻战士，代号为“雷电”的士兵也回归出现在这场决定“爱国者们”起与落的战争当中。
在二代中作为主要人物的雷电，年少时则曾为非洲少年军团的一员，他的成长故事就像在呼应着与战争同生的火热生命，没见过这世界的美却饱嚐这世界的恶，他曾遗弃过去但又被迫对抗过去。
他由谎言中崛起，然而带他走向真实的则是另一位接受着类似的命运，被欺瞒而曾深陷毫无意志的战场当中的一份子。
直到士兵发觉自身的信念，才足以获得新生。
在第二章当中面对强敌“吸血鬼”的时刻，站在老蛇面前英勇与敌人抗衡的正是雷电，如同老蛇身上所发生的巨变，雷电身上也发生巨大的改变。
被强迫实验改造而成为人造生化人的战士，雷电一身无与伦比的强悍则成为了老蛇最有力的坚盾。雷电向他身后的老蛇宣告，「这次将由我来保护你。」
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在第三章“第三太阳”当中搜寻的“失乐园战士”，然而这一群士兵正是受到无情战火摧残的孤儿所组成，而收养并且带领他们的领导者则是代称为“BIG MAMA”的年迈女性。
从她豪放的态度与熟知老蛇的姿态，让老蛇不免感到疑惑。
其真实身分为前作三代中谍报特工“夏娃”，从她口中揭晓从未得知过的事实，以及对她而言属于宝贵回忆的昔日光景。
从她的叙述得知关于“爱国者们”的真实面貌。由二战之中富可敌国的伟大遗产“贤者们的遗产”所建立起的团体，同时爱国者们也是从“The Boss”的遗志所诞生的信念，和平。
然而对于和平进行的方式，却让组织内部产生分歧。以“ZERO”为主导的爱国者们，主张以统合世界秩序为蓝图，将世界收纳为一，取代藩篱，中止国家之间的斗争与战乱，带来永世的安定。
不过曾看过一个体制是如何犯下牺牲意志的罪行，“BIG BOSS”则选择了另一条路。
“BIG BOSS”与“ZERO”曾互为信任其意志的伙伴、战友，但也因为看法的分歧而分道扬镳。“BIG BOSS”最终走上了“抑制力”的道路，这也是一条极为坎坷与不安的危险之路。
抑制力的伸张，则代表着为无法自我救助的国家伸出援手。施行在恐怖平衡的冷战双方之下，为那些成为欺凌、无助的对象给予军事力保卫自身，其称为“无国界军团”。
同时也是私有佣兵的他们，则考验其意志与信念，在险境之中求存。然而化为抑制力的军队，则成为了秩序的另一道阻碍。
最后“BIG BOSS”被“ZERO”握有的“爱国者们”所击败(也败于Solid Snake手中)。
但作为“The Boss”的精神传承象徵，“ZERO”选择将“BIG BOSS”囚禁，作为圣灵一样的牺牲奉献者。
其后“失乐园的战士”遭到PMC部队发觉并展开攻势，在最后的飞车搏火当中仍不敌PMC的庞大阵容而败亡。
老蛇与“BIG MAMA”眼看着“BIG BOSS”的躯体遭液山猫夺走并且摧毁，不顾一切的“BIG MAMA”则与沉睡的“BIG BOSS”躯体一同葬身熊熊烈火之中。
在此同时联合国部队奉命捉拿液山猫并设下天罗地网，然而获得最后的基因密码的液山猫，主宰了“爱国者之子”这套控制系统。液山猫手指一伸比出手枪的姿势，“碰”的一声在他面前任何的军队都化为空壳。
方舟士兵持火力扫荡坐以待毙的联合国军队，并且扬长而去。留下极度挫败的老蛇与化为空壳的军队，现在液山猫离实现毁灭爱国者们只差最后的一步。
在另一方面原先请求援助的直美却不告而别，她最后的身影则是与液山猫一同离去，此举不免有背叛之嫌……
“世外桃源”是组织也是信念，更为“BIG BOSS”的终极理想，而为了实现其野心液山猫的最终计画则是破坏一切，回归于自由。
同时也将现代社会摧毁殆尽化为虚无，其因爱国者们的系统控制已深入世界所有的资讯系统之中，举凡军事、经济、医疗、安全等网路都被爱国者们所控制，然而一旦爱国者们瓦解，人类社会的秩序将从根基崩毁。
名幅其实的人创造了制度，为求生存；然而制度绑架了人，使之无法逃脱。
最后的计画需要破坏位在卫星轨道上的人工智能核心，为此需要强大的破坏力。液山猫所见的则是一枚不受爱国者之子系统控制的核弹(虽液山猫能控制常规武器，但战略性大规模毁灭性武器的控制权限仍无法掌握)，而这一枚核弹就正静静的躺在影子莫谢斯岛上。
(因一代事件而封闭的武器试验场，在被封锁后则长年无人到访，因此当爱国者之子系统实际上线时，此区武装则完全没有实施系统)
在第四章“双子的太阳”(TWIN SUNS)当中，老蛇重回了因缘之地，在那裡他与液蛇展开了决一死战的恶斗。
随着所有的意志与决意汇聚于一点，最后的决战展开，而所有的事物都将面对命运的洗礼与审判。
这是一章相当有回忆性质的关卡，其任务的开头就以彷造PS时期的一代作品作为复古搞怪，不过这对于从一代历经于此的玩家而言，其深具意义与怀念。
随着时钟不停倒数，危机迫在眉睫，加紧脚步却遭遇以埋伏于此地的无人化机械部队的抵抗，这一批不同于常人的部队，拥有更高端的侦查能力与威胁火力，先前曾出现如战车存在的二足兵器“月光”更在本关卡中成为常客，顽强的它不仅难以对付，而月光的侦查能力与范围也让老蛇相当棘手。
此外成群结队出没的小月光更是小空间的极大威胁，以数量压胜的小月光。(还莫名有喜感性质)
重回的影子莫谢斯岛基地，彷彿回到系列作的特徵，重重的军事设施、设备以及冷金属的压迫感。
过程中还一度探访大屠杀的现场，斑斑血迹往如时间凝结在当下。(达成特定条件第二轮制重返此处，可以灵异透视的方式细看这个满佈冤魂的黑暗地牢)
回忆的终点则是来到由宅代所研发的「Metal Gear Rex」的收纳机库，拥有电磁轨道发射器同时携带核武的二足兵器，它的震摄力曾为美国新型军事武装带来无穷的效益，不过现在的它则如冰冻沉睡的巨兽。不过老蛇仍来晚了一步……
电磁轨道发射器连同核武已经遭到拆卸窃走，但等候多时的伏兵(月光)大量涌出，而吸血鬼也现身此处打算决一死战。
为了逃出生天宅代提议利用「Metal Gear Rex」突出重围，同时雷电也现身加入战斗力抗吸血鬼。在一场交错的刀光、暴露在轰炸声之中的两方溷战，随着吸血鬼的最后一死，「Metal Gear Rex」甦醒的吼叫让老蛇与雷电有了一线生机。
同时直美却现身于现场，她请求忏悔属于她自身的罪，也透露吸血鬼为何拥有无穷的生命恢复力，这一切都是奈米机械的诅咒……
随着她的自伐，一代的智慧先驱殒落。
群起的自爆月光追逐着巨兽的足踝，但这隻巨兽可说挟巨大破坏之姿在横扫敌军(Rex比起月光还高出三倍)。
在这场轰天裂地、震耳欲聋的火光爆破秀的尾声，出现迎战老蛇所驾驭「Metal Gear Rex」的，则是二代中出现但被劫走的海陆型「Metal Gear Ray」，其驾驶正是宿敌液山猫。
这场再度狭路相逢的兄弟对决，在两架巨兽的钢铁撞击声中揭开序幕。(玩家同时得留意先前逃脱时的伤害会被累积下来，如果伤害过重会影响这次作佔的局势)
无疑是本作中战斗最为刺激、惨烈与大量的金属火花点缀，在滨海港口中对决的场地也包含了仓库与工厂，火箭砲肆虐以及导弹齐射不仅会撕裂敌方，也会摧毁这些建筑物的形体。
陆战型的 Rex在冲撞上也独具威力，利用火神砲粉碎 Ray的装甲，挥出铁爪踩破 Ray的躯壳，玩家在这场战斗中将大胆的释放出破坏的慾望，誓言要将敌人彻底摧毁。
然而当 Ray的双翼尽是被剥下、装甲粉碎连同躯壳也无法维持时，老蛇所驾驶的 Rex也早已伤痕累累，机能一度停摆而陷入崩坏。怒吼而伤重的老蛇看着液山猫安然无恙的从保护妥当的驾驶座中逃出，老蛇则拖着身躯拼了命往前追赶，但最后仍功亏一篑。
牺牲了太多而所剩无几力量的斗士，则寄望于最后的可能性，曙光中的计画。直美遗留的讯息告知老蛇关于液山猫基地的重要资讯，以及可以阻止他野心的可能性。
液山猫除了摧毁人工智能外，为了更进一步掌管系统，在二代中遭到破坏的人工智能核心的「G.W」是他手中的制胜王牌。原为爱国者们系统之一伺服器的「G.W」在被破坏后又经历修复，而液山猫随着破坏更上层的控制系统「J.D」后，随着握有「G.W」将能接管一切，将秩序摧毁。
直美与珊妮共同合作开发的电脑病毒，是阻止「G.W」的关键，然而为了使病毒生效，老蛇得进入伺服器核心，而这就在液山猫的老巢，巨大潜水舰“世外桃源”。他们能够阻止这一切的最后时机则在潜水舰浮起架设电磁轨道砲的射击预备。
最后的第五章“老雄的太阳”(Old Sun)，在这悲壮的时刻挟其气势往前进击。
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大量的情报、複杂的资讯、深入的概念，造就一部作品为了完全阐述其中的剧情，以及牵连的所有关係一併收纳其中，这宛如将角色扮演游戏的故事塞入一款以动作游戏为主体的游戏作品中。
为这结尾的盛大而动容，时代意志的终结，与下个新世代的来临。它传达了过去终将落幕，希望则从未知中摸索、学习，并且期望着一个更好的明日到来。
故事中数度交错的希望与意志的碰撞，塑造成巨大的焰火让人观见其意志的热度与光亮；不断苦行与远征的英雄，一个个落入满身痛苦与哀伤的绝境。在悲鸣声响起时人们才能从绝望中看见希望的价值。
有血有泪的人物以及塑造出一齣惊天动地的冒险。有着对于经济社会的假说，有着衔接上个世代延续与传承，有着人类面对危难进而奋斗的精神，还有在不断碰撞之下试图理解的渴望。每个人都在往前迈进，因相互理解才能放下冲突，然而悲哀的莫过于此，也因为人太渴望拥抱自己的答案而忽略了彼此存在的这个世界，留下从未理解的彼此的痛苦。
最后的一章是一场共患难的苦行，该作中将许多的表现空间分配给所有并肩作战的伙伴，在苦难中继续前进，在微弱的希望尚未熄灭之前坚守住彼此。
在盛开白花的墓碑群中，无语的石碑悼念着所有已逝去的志士们，这是献给它们在这场即将落幕的斗争中，最后的一首安魂曲。
许许多多以图形、口号、概念叙述的暗示与徵兆，在本作中细腻的呈现出一个以影像声乐搭配的大剧场，人物之间举手头足都代表着他的存在与价值，有些人物看似软弱但仍具备勇气，有些人物看似残酷但带着悲壮的哀嚎，有些人物带着觉悟但仍面带微笑，有些人物带着稚嫩的欢笑，看着他们的脸庞内心会许下一个承诺，希望带给他们一个更加美好的明日。
既然是一份心得，则为分享当时的感动与回忆的触感。作为本篇的结尾，正如所有人的渴求与愿望，燃烧殆尽的谎言中露出的真相，是夕阳的色彩。
“爱国者们”被根除，利用着电脑病毒「FOXLIVE」去除了爱国者们施加在世界秩序上的枷锁，同时间也解放了被爱国者之子所控制的所有部队士兵，虽然这也代表着战争的野兽遭到释放，但或许这才是询问战争真正涵义的开始。
同时之间液山猫的方舟士兵部队也在失去爱国者之子系统后溃败，彷彿这一切都已经结束了。但液山猫呢？
在这场激战落幕后才缓缓现身，带着伤痕累累的老蛇离开悼念之处，在夕阳之下他坦然的将他的谎言抛向天际。
液山猫终究只是一种伪装，液蛇的控制是一种催眠为了隐藏底下施行的计画，山猫只是山猫，他愿意牺牲一切就为了实现英雄的理想，BIG BOSS的理念。
山猫曾为爱国者们的核心人员，也深知爱国者们究竟强大到什么地步，他必须捨弃自我才能矇蔽控制的意图，他带领的叛变实为解放的旗帜。
他曾是秩序的旗手，他最忠诚的信徒，然而他为了根除爱国者们，则预谋多年之久。(随着一代的死亡名单，二代的破坏计画，他步步逼入爱国者们的心脏，只求刺下最后的一刀)
直美的赎罪则来自于她一手开创的奈米科技，这项技术却让爱国者们吞噬了人心，因此她曾被监禁，后遭到救援并且打从内心支持山猫的计画，这都是一个时代落幕的序曲。
在夕阳下，战士渴求以斗志交会完成其使命。在死亡降临中，战士得到了他的安息地。
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终焉之后的裸之罪(Naked Sin)与裸之子(Naked Son)则接续尚未釐清的伏笔以及接续的明日。
故事除了主剧情的人物奋战外，还有诸多的人物支线交错其中，同时在这明亮的未来见到众人的笑容。
代表着老蛇最后的任务，他独自一人走向悼念者的墓碑，在那裡等待他的只有一把枪以及结束。口中含入枪口，等待命运的子弹将他带离……
枪声响起的片刻世界静止了，痛苦挣扎的老蛇甩开了枪不敢置信的看着他颤抖的双手，他仍渴求生命并期望获得救赎，然而更令他惊讶不已的，则是出现在他面前活生生的“BIG BOSS”。
不是鬼魂也不是幻觉，他是真实的存在。而他的到来只是为了结束他所开启的一切。
与他一同出现的则是坐在轮椅上依靠着呼吸器维生的失智老人，“BIG BOSS”称老人为“ZERO”，一切斗争起源的两人。
这就是时代吞没过去的写照，一个曾掌控世纪的幕后黑手，如今则只是个腐朽的空壳，同时也是爱国者们组织中最后的一人。
而原先以为被焚烧的躯体其实为“相固蛇”(Solidus Snake，第三位恐怖的孩子)的躯体，而夏娃与山猫早已串通以矇蔽爱国者们。
“BIG BOSS”关上了老人的呼吸器，看着他陷入永恆的沉睡。至于“BIG BOSS”则是交付了一个东西给老蛇，那名为希望。
老蛇身上在这整起事件中，曾再度被爱国者们注入新的「FOXDIE」病毒，目标则是“BIG BOSS”与液山猫等人，然而这死亡的邀约却带给老蛇希望，新病毒抑制了旧病毒的发作，在可能性上挽救了他必须接受毁灭的折磨。(现在他有机会去看看这个世界的美)
“BIG BOSS”则在这最后的会面中，接受如同他老友的命运，死亡。
