刺客信条三的剧情是各种矛盾的对立和统一，主要可分为以下三方面：
一、圣殿骑士与刺客的对立和统一
其实圣殿骑士与刺客并没有好坏之分，双方的目的都是要带领人类实现长久和平，避免第一文明的覆辙，拯救人类2012年面临的大灭绝事件。区别在于实现这一目标的方法双方存在很大分歧，圣殿骑士认为应该建立统一的思想和秩序，消灭异见分子，维护大一统的社会稳定。刺客组织则认为应该维护人类的自由思想，打破秩序的限制，创造理想化的自由社会。双方都为了自己的信念奋斗不休，都认为自己是正义的一方。双方的对立和统一决定了双方可能在某一阶段结成同盟，但终究要分道扬镳，斗争到底。
以戴斯蒙和露西为例，露西坚信圣殿骑士的道路是正确的，面临2012年的大限，露西的做法是假意帮助戴斯蒙找到金苹果，交给Abstergo后，将全部金苹果通过火箭发射上天，控制全人类共同发出意念，从而制止太阳爆发毁灭人类。戴斯蒙等刺客却坚信要找到第一文明大神殿，神殿中隐藏着使人类安然度过危机且保持自由的秘密。刺客信条兄弟会结尾，戴斯蒙杀死了露西，就是因为他通过金苹果看到了露西主导的未来必定失败，这种做法先行者已经试过了，朱诺说最后无法让所有人统一发出意念而失败了，第一文明因此毁灭。
二、先行者与人类的对立和统一
人类是先行者靠自己的样子制造的，地球最初的居住者第一文明从某种曾经存在的古老物种中创造出了人类，人类和先行者外形相似，但身材矮小且智力较弱。第一文明还制造出伊甸碎片，用其作为工具控制人类，将人类变成先行者的奴隶。在先行者和人类之间数代的混血杂交之后，部分人类的DNA中获得了一定量的先行者基因，这些人类获得了譬如鹰眼这样的特殊能力，同时他们对伊甸碎片的效果免疫，并且能够使用它们。
公元前75010年，亚当和夏娃，两名人类奴隶带着一枚伊甸苹果逃出了伊述城市伊甸园。人类起身反抗第一文明的压迫，掀起了一场长达十年的战争，夏娃成为人类的领袖。朱庇特、密涅瓦和朱诺退出了与人类的战争，他们撤入大神殿，试图想出解决即将摧毁地球的太阳耀斑威胁的方法。三人提出了六种解决方案，每一种都由于不同的原因无法成功，虽然朱庇特和密涅瓦决断脱离肉身转入全息数据容器的解决方法有违伦理，但朱诺同意这个方案，这个分歧使得她与朱庇特和密涅瓦之间的关系产生了裂隙，最终导致朱诺被锁在了大神殿里。
公元前75000年，一场剧烈的太阳耀斑袭击了地球，几乎使这两个种族全数灭绝。事后只有不到一万人类幸存下来，存活的第一文明则更少。人类与第一文明开始合作重建文明。这些第一文明幸存的成员和人类保持了联系，人类钦佩于他们卓越的知识并将他们误认为“神明”。第一文明对人类的文化和建筑风格有着巨大的影响，比如古代金字塔便是受其影响。
刺客信条三里，先行者只有通过人类才能度过浩劫。先行者给戴斯蒙提供了两个选项：或者藏身大神殿躲避太阳耀斑爆发，然后在世界末日后走出洞穴成为人类领袖，重新开始75000年前的循环。或者戴斯蒙牺牲自我，启动防护罩使全人类躲过灾难，代价是自己的生命，以及释放对人类怀有敌意的朱诺。戴斯蒙选择了后者，不仅是对露西有个交待，而且他坚信人类会找到办法对付朱诺。
三、父与子的对立和统一
刺客信条三里有两对父子：海尔森和康纳，威廉和戴斯蒙。
先说海尔森和康纳，两个阵营的父子关系，在信仰上对立，在亲情上又统一。海尔森在很长时间里并不知道有个儿子，但一旦知道康纳的存在，就不得不受亲情的影响，在康纳危难之际偷偷援助他，甚至不惜在小范围内背离圣殿骑士的事业。康纳处刑那一段最能代表这一矛盾的感情，
游戏里表现出来的是阿基里斯和刺客兄弟会救了康纳，而实际上割断绳索的是躲在暗处的海尔森发出的飞刀！海尔森救了康纳，但破坏了查尔斯李的全盘布局，导致刺杀华盛顿失败，希基被杀。康纳在母亲死后一直归罪于海尔森和圣殿骑士，但每次见到海尔森却总是流露出对父亲的微妙情感，特别是后来跟海尔森追查本杰明时，当门卫盘查二人，海尔森不假思索地回答，这是我的儿子，康纳听到后非常惊讶，但脸上不禁流露出幸福的感情。阿基里斯也感觉到了康纳对海尔森的感情，于是不断提醒康纳的刺客职责和复仇事业。面对亲情和教团职责的矛盾，康纳想找到一条双方合作以实现和平共赢的道路，但在与海尔森一起行动中，双方不断发生理念的碰撞，对于救世之道的不同理解导致矛盾最终无法调和。乔治堡决战，海尔森为了掩护查尔斯李，独自留下来面对康纳，
他知道他只有两个选择：要么杀死康纳背离亲情，要么让康纳杀死自己，既成就骑士团的事业，又保全了儿子。海尔森选择了后者。杀死海尔森的康纳也十分痛苦，后来在回忆中他非常希望能多了解父亲的经历和想法，可能父子的结局就不会是这样了。
再说威廉和戴斯蒙，父亲从小对儿子寄予厚望，戴斯蒙小时候总在被训和被训练之中，很少感受到父爱，也不理解教团的使命，终于逃离家园浪迹天涯。被韦迪克抓住后，戴斯蒙才算明白了自己肩负的拯救人类责任。威廉对于戴斯蒙的逃离非常愤怒，认为他是个不成器的浪荡子弟，但当戴斯蒙把他从Abstergo救出后，威廉对戴斯蒙的态度也发生了改变，父与子从对立到理解，最后诀别时的感情反倒比海尔森和康纳要好得多，戴斯蒙虽死无憾！
